O convento dedicado a São João de Deus, santo que nasceu em Montemor-o-Novo, no dia 8 de março de 1495, foi construído no século XVII.
No século XIX, a igreja conventual assumiu funções de igreja matriz, substituindo a igreja de Santa Maria do Bispo, no Castelo. Trata-se de um dos templos da cidade com maior interesse artístico, pela qualidade das pinturas murais, azulejaria e talha dourada. Julga-se que a pia batismal, proveniente da antiga igreja matriz, no castelo, terá sido onde se batizou São João de Deus.
Ao lado da capela-mor encontra-se o acesso à cripta do santo, edificada sobre o local do seu nascimento.
Atualmente, no antigo edifício conventual funcionam também a biblioteca e a galeria municipal.
